Таможенные органы составляют единую систем (ст. 8 ТК РФ). Под единой системой таможенных органов понимается иерархически построенная совокупность таможенных органов в соответствии с их компетенцией и поставленными перед ними едиными целями и задачами в области таможенного дела.

В единую систему таможенных органов входят:

• ГТК России;
• Региональные таможенные управления;
• Таможни;
• Таможенные посты.

По территориальной деятельности система таможенных органов подразделяется на два уровня. К первому относится ГТК России, осуществляющий свою деятельность на всей территории РФ, ко второму – все другие таможенные органы, осуществляющие свою деятельность на территории подведомственного региона. Границы деятельности региональных таможенных органов могут как совпадать, так и не совпадать с границами субъектов РФ и административно – территориальных единиц.

Взаимоотношения в структуре таможенных органов основываются на принципе сочетания централизации и децентрализации. Каждый нижестоящий таможенный орган подчинён только по вертикали вышестоящим таможенным органам. Вышестоящие таможенные органы направляют и контролируют деятельность нижестоящих, их решения обязательны для нижестоящих таможенных органов (ст. 11 ТК РФ).

Возглавляет всю систему таможенных органов, объединяет и направляет их деятельность ГТК России, он несёт ответственность за состояние деятельности таможенных органов РФ по выполнению возложенных на них законодательством задач и функций.

Для таможенных органов как единой системы государственных органов, характерно:

• Единство цели: осуществление единой таможенной политики (ст.2 ТК РФ)$
• Единство задач: эффективное использование инструментов таможенного контроля и регулирование товарообмена на таможенной территории РФ, участие в реализации торгово-политических задач по защите российского рынка и др. (ст. 2 ТК РФ).

Единство системы таможенных органов обусловлено общностью выполняемых функций. В своей совокупности эта система обеспечивает реализацию 20 основных функций, закреплённых в ТК РФ. Согласно ст. 10 ТК РФ таможенные органы:

• Участвуют в разработке таможенной политики и реализуют её;
• Обеспечивают соблюдение законодательства, контроль за исполнением которого возложен на таможенные органы РФ; принимают меры по защите прав и интересов граждан, предприятий, учреждений и организаций при осуществлении таможенного дела;
• Обеспечивают в пределах своей компетенции экономическую безопасность РФ, являющуюся экономической основой суверенитета РФ;
• Защищают экономические интересы РФ;
• Применяют средства таможенного регулирования торгово-экономических отношений;
• Взимают таможенные пошлины, налоги и иные таможенные платежи;
• Участвуют в разработке мер экономической политики в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу РФ, реализуют эти меры;
• Обеспечивают соблюдение разрешительного порядка перемещения товаров и транспортных средств через таможенную границу РФ;
• Ведут борьбу с контрабандой, нарушениями таможенных правил и налогового законодательства, относящегося к товарам, перемещаемым через таможенную границу РФ, пресекают незаконный оборот через таможенную границу РФ наркотических средств, оружия, предметов художественного, исторического и археологического достояния народов РФ и зарубежных стран, объектов интеллектуальной собственности, видов животных и растений, находящихся под угрозой исчезновения, их частей, других товаров, а также оказывают содействие в борьбе с международным терроризмом и пресечении незаконного вмешательства в аэропортах РФ в деятельность международной гражданской авиации;
• Осуществляют и совершают таможенный контроль и таможенное оформление, создают условия способствующие ускорению товарооборота через таможенную границу РФ;
• Ведут таможенную статистику внешней торговли и специальную таможенную статистику РФ;
• Ведут товарную номенклатуру внешнеэкономической деятельности;
• Содействуют развитию внешнеэкономических связей республик в составе РФ, автономной области, автономных округов, краёв, областей, городов Москвы и Санкт-Петербурга, а также предприятий, учреждений, организаций и граждан;
• Содействуют осуществлению мер по защите государственной безопасности, общественного порядка, нравственности населения, жизни и здоровья человека, защите животных и растений, охране окружающей природной среды, защите интересов российских потребителей ввозимых товаров;
• Осуществляют контроль за вывозом стратегических и других жизненно важных для интересов РФ материалов;
• Осуществляют валютный контроль в пределах своей компетенции;
• Обеспечивают выполнение международных обязательств РФ в части, касающейся таможенного дела; участвуют в разработке международных договоров РФ, затрагивающих таможенное дело; осуществляют сотрудничество с таможенными и иными компетентными органами иностранных государств, международными организациями, занимающимися вопросами таможенного дела;
• Проводят научно-исследовательские работы и консультирование в области таможенного дела; осуществляют подготовку, переподготовку и повышение квалификации специалистов в этой области для государственных органов, предприятий, учреждений и организаций;
• Обеспечивают в установленном порядке Президента РФ и Правительство РФ, иные государственные органы, предприятия, учреждения, организации и граждан информацией по таможенным вопросам;
• Реализуют единую финансово-хозяйственную политику, развивают материально-техническую и социальную базу таможенных органов, создают необходимые условия труда для работников этих органов.

Таможенные органы выполняют возложенные на них функции на единой правовой основе. ТК РФ и Закон РФ «О таможенном тарифе» являются единой базой всего механизма правового регулирования таможенных отношений, затрагивают все основные вопросы, возникающие в практической деятельности таможенных органов.

В системе таможенных органов функционируют таможенные лаборатории, научно-исследовательские учреждения, учебные заведения, вычислительные центры и другие предприятия, организации и учреждения, подведомственные ГТК России.

На предприятия, организации и учреждения системы таможенных органов полностью распространяется гражданское законодательство (ГК РФ, другие законы и нормативные акты),определяющее их правовое положение. Вместе с тем административно-правовой статус системы таможенных органов имеет особенности – они учреждены государством. Их имущество является федеральной собственностью. Правомочия собственника по управлению этим имуществом осуществляет ГТК России. На них не распространяется законодательство о приватизации.